La guerra fue uno de los sucesos que marcó profundamente la historia de Suchitoto, afectando casi todo su territorio. La proximidad con el legendario Cerro de Guazapa hizo tener la intensidad de guerra a escasa distancia, aunado al ejército militar que sitió la ciudad en múltiples ocasiones. La guerra ocasionó la migración de la mayoría de la población hacia zonas seguras o lugares de refugio dejando en abandono sus hogares en cantones, caseríos y la ciudad.
La mayoría de pobladores coincide en que la guerra en Suchitoto fue provocada por las condiciones de desigualdad en la tenencia de la tierra y las oportunidades de desarrollo económico y social.
En los años 70 Suchitoto era un lugar con una muy buena actividad comercial y económica, por la producción de hortalizas y frutas. Se había convertido en puente entre los departamentos de Cabañas y Chalatenango, relaciones que se interrumpieron después de la construcción de la presa del Cerrón Grande.
En la zona de Guazapa la guerra fue muy intensa desde el año 1981 esto impactó grandemente a los cantones y la población del casco urbano entre los años de 1984 – 1985.
Durante el conflicto armado muchas familias dejaron sus hogares, otras familias se iban antes del anochecer por temor a los continuos enfrentamientos. Muchas familias se vieron forzadas a buscar refugio en: Mesa Grande, Calle Real, Rosario Mora, u otros departamentos y países que consideraban menos conflictivos.
Las circunstancias del conflicto armado obligó a muchos miembros de familias a incorporarse a la lucha armada, uniendose a la guerrilla y otros al ejército. Muchos de los participantes en la guerrilla, recuerdan la vida cotidiana en los campamentos guerrilleros, donde se realizaban diferentes actividades como las escuelas populares donde aprendían a leer. Se dice que en Guazapa en 1982 habían organizadas 16 escuelas en las diferentes comunidades.
Un detalle importante durante estos años, fue la participación de las mujeres en la milicia guerrillera. Centenares de ellas participaron activamente en diferentes planos como enfermeras, cuidadoras, proveedoras de alimentos, atención a enfermos y heridos, combatientes, radistas, estrategas, comandantes, incluso ante la necesidad, aprendieron el oficio de ser parteras en los diferentes frentes de guerra.
Muchos pobladores dicen que de la guerra en la ciudad de Suchitoto fue más intensa entre los años 1984-1985. Los lugares más afectados del casco urbano fueron el Barrio La Cruz y El Caulote por ser puntos de combate, lo mismo que la carretera a San Martín.
El conflicto obligó a que la mayoría de pobladores abandonaran la ciudad, quedando pocas familias en el pueblo. Quienes se quedaron vivieron la guerra encerradas por cercos militares o los continuos enfrentamientos que mantenían rodeada la ciudad.
Un dato importante es el hecho que Aguacayo fue uno de los lugares más afectados por el conflicto armado, tanto que la Fuerza Aérea destruyó casi todo el cantón, el icono más representativo de la destrucción son las ruinas de la Iglesia.
Las primeras negociaciones se hicieron antes en la época presidencial del ingeniero J. Napoleón Duarte, pero no había disposición de negociar. El primer encuentro de negociación fue el 15 de octubre de 1984 en La Palma Chalatenango. En el año 1987 hubo otros encuentros en Aguacayo y San Salvador.
En 1990 después de la ofensiva 1989, en la presidencia de Alfredo Cristiani, se abrio un dialogo que culminó con la firma de los Acuerdos de Paz en México Chapultepec el 16 de enero de 1992.
En el proceso de desmovilización hay otro dato interesante sobre Aguacayo, y es que este fue un lugar para el armisticio impulsado por ONUSAL. Allí se colocaron contenedores donde se recibieron y depositaron las armas de los desmovilizados de la guerrilla para luego iniciar la destrucción.
