El año de 1525 marca un capítulo crucial en la historia de Centroamérica con la fundación de la primera villa de San Salvador, un evento que se inserta en el contexto más amplio de la conquista de lo que se conoce como el señorío de Cuscatán (Cuscatlán). Este proceso no solo transformó la geografía política de la región, sino que también inició una serie de cambios culturales y sociales que trascienden y enmarcan la historia y orígenes de El Salvador y Suchitoto.

A principios del siglo XVI, El Salvador estaba dominada por dos señoríos: el señorío Chorti (llamado Payaquí) y el señorío de Cuscatán, que formaban parte del vasto mosaico de civilizaciones indígenas en Mesoamérica. Cuscatán, cuyo nombre significa «lugar de joyas, preseas o collares», era habitado mayormente por los Pipiles, grupo náhuatl que mantenía una sociedad organizada y desarrollada.

La llegada de los españoles a esta región fue liderada por Pedro de Alvarado, un conquistador que ya había participado en la conquista de México junto a Hernán Cortés. En 1524, Alvarado emprendió una expedición hacia el sur con el objetivo de expandir los territorios bajo control español. Tras varios enfrentamientos con los pueblos indígenas, Alvarado llegó a Cuscatlán.

Antes de la conquista española el territorio era poblado por diferentes etnias indígenas, específicamente: pipiles, lencas, mayas chortís, mayas pokomames, xincas, cacaoperas y chorotegas; estas etnias habitaban en tres entidades territoriales siendo el Señorío de Cuzcatán el más importante y unificado de las tres entidades. El descubrimiento del territorio lo realizó Andrés Niño en 1522, mientras que la conquista del actual El Salvador comenzó en 1524 con la incursión infructuosa de Pedro de Alvarado al señorío de Cuzcatlán y terminó en la década de 1540 con la total conquista y pacificación del señorío poton o de lencas salvadoreños ubicado en la zona oriental, durante ese tiempo se dio la fundación de las villas de: San Salvador, San Miguel de la Frontera y la Ciudad de los Caballeros (actual San Martín Perulapán); tras la conquista se dio la organización de los territorios conquistados dando inicio a la época colonial, la cual a su vez terminaría en 1821 con la Independencia de Centroamérica.

Conquista del Señorío de Cuzcatlán

El personaje más importante en la conquista del Señorío de Cuzcatlán y de El Salvador en general fue Pedro de Alvarado, quien había acompañado a Juan de Grijalva de cuyo grupo formaba parte igualmente Sancho de Barahona antepasado de Manuel José Arce; Años más tarde ambos se unieron a Hernán Cortés en la Conquista de México, la cual concluyó en 1521.

En 1523 Hernán Cortés envió a Pedro de Alvarado a conquistar las naciones indígenas ubicadas al sur del Imperio azteca y luego este siguió avanzando hacia la zona central de América.

Después de las anteriores conquistas realizadas por Pedro de Alvarado, llegó a las riberas del río Paz y lo cruzó internándose en el territorio del Señorío de Cuzcatán. Las primeras poblaciones a las que llegó fueron Mopicalco y Acatepeque a las cuales llegó el 6 y 7 de junio respectivamente encontrándolas despobladas (según su Segunda Carta de Relación enviada a Hernán Cortés).​ Sin embargo, la residencia de Alvarado menciona que al llegar el contingente de Alvarado a esas poblaciones los indígenas los recibieron, sin embargo, Alvarado y su contingente tomaron algunos como esclavos y a otros los mandó a que les trajesen comida pero no volvieron a la población.

Pedro de Alvarado se trasladó a Acaxual (Acajutla) en donde  los indígenas le habían limpiado los caminos y lo estaban esperando para recibirlo. Sin embargo, al darse cuenta de las crueldades de Alvarado decidieron enfrentarlos;​ esta batalla de Acajutla se libró el 8 de junio de 1524 y fue una cruenta batalla contra el ejército náhua (cuyos soldados iban protegidos con corseletes de algodón con grosor de tres dedos, los cuales les quitaba agilidad) que pudo ser ganada por Alvarado ya que su contingente simuló una retreta y luego volvió sobre el ejército náhua causando grandes destrozos y resultando varios españoles heridos inclusive el mismo Pedro de Alvarado fue herido por una flecha en el fémur, quedando herido de gravedad.

El 13 de junio de 1524 partió con su ejército rumbo a Tacuzcalco, en donde se entabló una desigual y cruenta batalla contra el ejército náhua, esta batalla fue liderada por los hermanos de Pedro de Alvarado mientras que el propio Alvarado observó el transcurso de la batalla desde un lugar alto de la población; siendo vital para la batalla la ayuda de los indígenas auxiliares con los cuales los españoles lograron ganar la batalla.​ Posteriormente a la batalla los españoles descansaron durante un par de días y continuaron hacia Miahuatan, que fue abandonada por sus pobladores, y luego llegaron a Atehuan (Ateos), en donde recibieron una invitación de los señores de cuzcatán para entrar en la ciudad.​

El 17 de junio de 1524 llegó Pedro de Alvarado a la ciudad de Cuzcatlán, en la cual fue recibido por la población, pero cuando se asentaron los españoles estos abandonaron la ciudad; según Bartolomé de las Casas los españoles tomaron algunos indígenas como sirvientas y Alvarado pidió que les llevase oro, pero los indígenas llevaron hachas de cobre que tenían algún oro, cuando Alvarado se dio cuenta de esto mandó a tomar prisioneros a los indígenas, y estos huyeron a las montañas cercanas.

Alvarado envió mensajeros a las montañas para convencer a la población de cuzcatán para que volviesen a lo cual negaron y le enviaron a decir a Alvarado «que si algos les querían, que allí estaban esperando con sus armas»; luego Alvarado intentó enviar a otros mensajeros los cuales no regresaron, entonces mandó a atacar varios cerros donde se refugiaban los indígenas resultando heridos muchos españoles e indígenas auxiliares.​

Al final parece que abandonó junto con su ejército el Señorío de Cuzcatlán debido a las condiciones climáticas, vendiendo los esclavos para que con precio cubrir el de 11 caballos muertos en las refriegas, destruyendo todas las poblaciones por donde pasaba y regresando a Guatemala el 21 de julio de 1524.

Primera fundación de San Salvador

Afectado por la infección en su pierna -que le dejaría una cojera permanente-, aquejado por el agotamiento de su ejército, la situación climática lluviosa y el desconocimiento del terreno, el capitán Pedro de Alvarado y Contreras abandonó Cuzcatán el 21 de julio de 1524, sin haber conquistado a la etnia pipil. A sus espaldas dejaban varios objetos que evidenciaban su presencia, como un cañón dañado, calzado, espadas y otros pertrechos.

A finales de 1524 Pedrarias Dávila (conquistador de Panamá y Nicaragua) envió a Francisco Hernández de Córdoba a Honduras y este a su vez envió a Hernando de Soto hacia el Señorío de Cuzcatán.

Al ver las pretensiones de Pedrarías Dávila, Pedro de Alvarado mandó una expedición liderada por su hermano Gonzalo de Alvarado para fundar una villa (aunque el territorio del Señorío de Cuzcatlán aún no estaba plenamente conquistada) que se hizo acompañar por Diego de Holguín, Francisco Díaz y Alonso de Oliveros como capitanes; la villa de San Salvador fue fundada el 1 de abril de 1525 en un sitio desconocido, (se cree que puede ser el mismo lugar donde mas tarde se fundó la villa de San Salvador) siendo su primer alcalde Diego de Holguín, esta villa era prácticamente era un fuerte militar con ayuntamiento.​ La única mención que se tiene de la villa es una mención que hace de ella el gobernador y capitán general de Guatemala Pedro de Alvarado en la sesión del Cabildo de la ciudad de Santiago de los Caballeros de Guatemala el día 6 de mayo de 1525 y que dice:

Que por cuanto él, en nombre de sus majestades, ha hecho elección en esta ciudad de alcaldes y regidores, entre los cuales eligió por regidor a Diego de Holguín, el cual se fue de está ciudad a vivir y permanecer en la villa de San Salvador de la cual es Alcalde…Alvarado, Pedro de (1525).​

En 1526 los Cakchiqueles se rebelaron en contra de los españoles, está rebelión se extendió rápidamente hacia otras poblaciones indígenas incluyendo las de Cuzcatán las cuales se sublevaron en ese mismo año, razón por la cual los españoles se vieron obligados a abandonar la villa.

Refundación de San Salvador

En enero de 1528 el capitán general de Guatemala Jorge de Alvarado (hermano de Pedro de Alvarado), envió una expedición liderada por su primo Diego de Alvarado al Señorío de Cuzcatán para conquistar el territorio y refundar la villa de San Salvador.​ Acerca de esta expedición el cronista español Antonio de Remesal (en su libro Historia general de las indias occidentales y en particular de la gobernación de Chiapa y Guatemala, tomo II) dice:

(Jorge de Alvarado) dio orden para tener sujeta y de paz la provincia de Cuscatlán, que era una de las más ricas y principales de la gobernación de Guatemala, que en ella se hiciese una población de españoles, la cual dio por nombre villa de San Salvador, dejando a la voluntad y albedrío de los oficiales que enviaba, la elección del sitio más conveniente que les pareciese para siento del lugar. Eran muchos y muy nobles los españoles que salieron de Guatemala para está jornada, que la fama de las riquezas de la provincia así en frutos de las tierras como en minas, los cebó y obligó a dejar la apacible vivienda de Santiago de Guatemala y irse a tierra no vista ni conocida y que entonces se llamaba de guerra. Remesal, Antonio.

Entre enero y abril de 1528 se logra la conquista del señorío; posteriormente el 1 de abril de 1528 Diego de Alvarado y todo su ejército refundan la villa de San Salvador en el sitio de Ciudad Vieja, estando ubicada a unos 10 km de Suchitoto. El primer ayuntamiento estuvo conformado por: Juan de Salazar y Juan de Aguilar, como alcaldes ordinarios; y como regidores Pedro Gutiérrez de Guyñana, Santos García, Cristóbal Salvago, Sancho de Figueroa, Gaspar de Cepeda, Francisco de Quirós y Pedro Núñez de Guzmán; Tenedor de bienes de difuntos lo fue Bartolomé Bermúdez, y Diego de Alvarado presidió la villa como justicia mayor y teniente de capitán general.

En 1528 Jorge de Alvarado repartío entre los vecinos de Santiago de Guatemala un total de 15 provincias del Señorío de Cuzcatlán ubicadas en los actuales departamentos de Ahuachapán y Sonsonate (las que eran consideradas las mejores tierras del señorío debido a que en ellas se cultivaba en gran medida cacao); siguiendo las indicación de Jorge de Alvarado, Diego de Alvarado repartió las 59 poblaciones restantes entre los vecinos de San Salvador, siendo la primera población dada en encomienda a un vecino de San Salvador la provincia de Nahuizalco (una de las pocas provincias que Jorge de Alvarado no había repartido en lo que es actualmente el departamento de Sonsonate) que fue dada a Miguel Díaz Peñacorba el 9 de junio de 1528.

La ciudad de Cuzcatán se rindió ante los españoles en 1528 y para el 23 de noviembre de ese año todas las poblaciones pertenecientes al Señorío de Cuzcatán estaban en manos de los conquistadores incluyendo la propia ciudad de Cuzcatlán.​

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La conquista del señorío de Cuscatlán y la fundación de la pimer villa de San Salvador tuvieron un impacto profundo y duradero en la región. La imposición del dominio español significó la desestructuración de las sociedades indígenas y la introducción de nuevos sistemas económicos, sociales y culturales. La evangelización y la explotación de recursos fueron pilares del nuevo orden colonial.

El sitio arqueológico Ciudad Vieja se encuentra en el valle de la Bermuda a una elevación promedio de 530 metros sobre el nivel del mar. Este es el lugar en donde estuvo situada la Antigua Villa de San Salvador en su segunda fundación de 1528 hasta 1545. Ciudad Vieja con una extensión aproximada de 45 hectáreas (64 manzanas), guarda los restos de las casas de los moradores y de edificios públicos de la Villa de San Salvador.

En resumen, la conquista del señorío de Cuscatlán y la fundación de San Salvador en 1525 y su refundación en 1528 son eventos históricos que representan el inicio de un nuevo capítulo en la historia de El Salvador. Estos acontecimientos no solo marcaron el comienzo de la colonización española, sino que también sentaron las bases para el desarrollo de una nueva sociedad, rica en diversidad y complejidad.